Karol, però, non ha mai completamente spiegato che cosa lo abbia spinto a farsi prete. La morte del padre, avvenuta per infarto il 18 febbraio 1941, lo ha colpito a fondo, tanto che egli passa dodici ore in preghiera accanto al feretro. Anche il suo mistico amico, il sarto Tyranowski, influisce sulla sua decisione. Con duemila sacerdoti polacchi morti o dispersi può darsi che pensa che sia suo dovere prenderne il posto. Può anche darsi che influisca sulla sua decisione la convinzione che le armi spirituali siano l'unica concreta opposizione possibile alla potenza militare nazista (Nella seconda Guerra Mondiale sono morti circa 7,6 milioni di polacchi, fra cui 3 milioni d'ebrei: il Paese ha perduto il 30% della popolazione, la percentuale più elevata di tutti gli Stati coinvolti nel conflitto).
Wojtyla è consacrato sacerdote il 1° novembre 1946, dall'Arcivescovo Sapieha. Karol diviene, dunque, prete in un giorno d'allegria nella liturgia cristiana. La festa di Tutti i Santi, implorati affinché assistano, siano benevoli e proteggano l'ordinando.
La mattina dopo, giorno dei Morti, il sacerdote novello sceglie di celebrare non una messa come consuetudine ma ben tre. Le prime due si svolgono nella cappella della cripta romana di San Leonardo della cattedrale di Wawel, laddove sono sepolti i re e le regine di Polonia, i grandi prelati che l'hanno onorata, i poeti che l'hanno cantata. Scegliere questo luogo significa ricollegarsi a tutta la storia della terra natia, seguire la radice dell'albero millenario. Dedica quella prima messa ai genitori, al fratello defunto, alla sorella che nemmeno conobbe. La terza ha luogo nella sua parrocchia, nella chiesa di Debnicki.